IT Factory har været i politiet søgelys i over et år. I samme periode er virksomheden flere gange blevet kåret som Danmarks bedste i en lang række kategorier.
Ifølge Politiken, så har Nordssjællands politi efterforsket IT Factory i over et år på en mistanke om momssvindel. Svindlen går på, at IT Factory ved salg af produkter i til firmaer i Danmark har faktureret det, som om det var til samme firmas selskab i udlandet.
"Dermed har de sagt, at totalbeløbet i Danmark er X antal kroner plus moms, og til udlandet har man så solgt for det samme, og dermed fået momsen direkte," siger vicepolitiinspektør ved afdeling for økonomisk kriminalitet Flemming Poulsen til pol.dk.
Allerede i 2006 var Stein Bagger ifølge Berlingske Tidende i politiets søgelys som medvirkende til omfattende svindel med afgifter på luksusbiler. Her blev Stein Bagger og hustruen Anette Uttenthal passet op af betjente efter de forlod et fitnesscenter på Østerbro i København.
På det tidspunkt kørte de i Porsche 911, en BMW M6 samt en Audi A3.