Kompatibilitet er nøgleordet i Windows Me; i modsætning til Windows 2000, bygger operativsystemet på den gamle Windows 9x kerne. Programmer, som kan køre under Windows 98, bør derfor også fungere under Windows Me. Men det er ikke altid tilfældet.
Det er især sikkerhedsværktøjer som Norton Internet Security 2000, Norton Personal Firewall 2000, BlackICE Defender og McAfee PGP Personal Privacy, som har problemer med operativsystemet.
På to punkter adskiller Windows Me sig markant fra tidligere versioner; operativsystemet har ikke længere indbygget understøttelse for "Real Mode DOS", og det bruger TCP/IP stack'en fra Windows 2000 i stedet for Windows 98.
"Real Mode DOS" bruges af mange systemværktøjer til at foretage dybdegående indgreb i systemet; ved at fjerne DOS kan sikkerheden øges, men til gengæld mistes muligheden for at køre mange ældre programmer.
Heldigvis har de fleste softwarefirmaer udsendt opdateringer til deres programmer, som fjerner problemerne under Windows Me. Blandt de programmer, som stadig mangler opdateringer og ikke kan køre under Windows Me, findes Network Associates' Dr. Solomon Anti-Virus og PGP Personal Privacy.
(Kilde: PCWorld USA)