a2005 var formentlig det værste år nogensinde for Atea Danmark. Selskabet blev bragt i knæ, da den tidligere direktør tog næsten hele software-teamet med sig over i et konkurrerende firma.
Atea var tæt på at miste Microsoft-certificeringen og måtte benytte mandskab fra Norge og Sverige for at holde hjulene i gang. Siden satte en anden tidligere direktør yderligere fart i medarbejderflugten, da han stiftede nok et konkurrerende firma.
Midt i denne krise besluttede Atea at gennemføre tre omlægninger, som hver især ville være store nok til at skabe mindre kriser: Herning-lageret blev nedlagt og flyttet til Sverige, og både ERP-systemet og E-handels-systemet blev demonteret og skiftet ud.
Nedlæggelsen af Herning-lageret, som også rummede Ateas finansafdeling, betød afskedigelser af 49 medarbejdere. Dette i kombination med lejemålsopsigelsen gav store ekstraordinære omkostninger, anføres det i ledelsesberetningen.
På trods af alle disse problemer lå selskabets omsætning kun fire procent under det foregående års salg, da regnskabet for 2005 blev gjort op.
I alt solgte Atea Danmark integrationsydelser og hardware og software for 1.102 millioner kroner. Driftsresultatet (EBIT), der havde været positivt i alle årene siden stiftelsen i 2000, havnede i 2005 på et minus på 43,7 millioner kroner, mens selve bundlinje-resultatet blev på 32 millioner kroner i røde tal.
Atea Danmark havde i 2005 gennemsnitligt 160 medarbejdere. Underskuddet har reduceret selskabets egenkapital, som dog stadig er på over 100 millioner kroner. Atea-koncernens samlede pengekasse er på næsten en halv milliard kroner.
Indtil Ementor/Topnordics annoncerede opkøb bliver godkendt af aktionærer og konkurrencemyndigheder, er Atea ejet af investeringsfirmaet 3i og WM-data.