Da Mondosoft aflagde regnskab for 2006, var bestyrelsen nødt til at tilføje, at regnskabet var aflagt med fortsat drift for øje. Med et underskud på 26,5 millioner kroner og en negativ egenkapital på 444.000 kroner så det nemlig skidt ud for selskabet. Nu er Mondosoft blevet erklæret konkurs.
Mondoft har trods rosende omtalt teknologi haft store vanskeligheder gennem tiden, og over 150 millioner kroner er blevet smidt bort.
I det seneste regnskab fortæller bestyrelsen, at årsagen til det seneste underskud skyldes nye Microsoft-lanceringer, der har ødelagt markedspotentialet for Mondosofts søgeprodukter.
I 2007 er selskabets problemer fortsat. I april måned skrev Computerworld.dk, at Mondosoft fyrede halvdelen af selskabets danske udviklere. Nu er problemerne endt i en konkurs.