Statens Lønsystem, SLS, er tre gange dyrere i drift end sin forgænger, Statens Centrale Lønsystem, SCL. Det konstaterer Rigsrevisionen i et 10-sider langt afsnit om SLS i beretningen over statsregnskabet for 2003.
På trods af at udviklingen af SLS har været 13 år undervejs og kostet knap 430 millioner kroner, så er udgifterne til den daglige drift i 2004 budgetteret til 46,6 millioner kroner, mens driften af SCL i perioden 1999 - 2003 kun beløb sig til mellem 15 og 16 millioner kroner om året.
Selv om SLS på en række punkter er mere brugervenligt end SCL, konstaterer Rigsrevisionen, at der stadig er et betydeligt potentiale for forbedringer med hensyn til driftsstabilitet og funktionalitet.
I udviklingsfasen, fra 1991 til 2003, holdt projektet sig inden for de budgetterede 426 millioner kroner. Men det mål blev kun nået i kraft af at systemet ikke fuldt ud kunne løse de planlagte opgaver ved udgangen af 2003. Derfor skal der i 2004 og 2005 investeres yderligere 20 millioner kroner i udviklingen af SLS, for at opnå en stabil drift.