at beskytte sin kode

Ja det kommer jo an på hvad du koder i og den webserver er bliver brugt.
Hvis det f.eks. er asp.net kan det hele kompiles i dll-filer.
De fleste webservere kan gøre så besøgende ikke kan få adgang til at downloade source, men kun de sider der bliver genereret.

Hvis det "bare" er for at vise layout og den slags, kan du jo nøjes med at lægge nogle screenshots op som de kan kigge på. Bare HUSK at have Copyright besked skrevet på inden det bliver lagt ud på nettet.

Opbevar det på en bærbar, og vis det på den.
I øvrigt er der jo altid muligheden for at pudse en advokat på kunden, hvis de ikke betaler for dit arbejde. Det er jo det, der sker, hvis de kopierer dit arbejde før du overdrager det til dem.
Eventuelt kan du jo lægge et påskeæg i koden, så besøgende på sitet får at vide, at der ikke er betalt for arbejdet.

De sider jeg vil lave er primært i html.
Det med påske synes jeg ikke er kundeservice. Det virker som om man kun tænker på penge.
Det med screenshots var dog en ide, de er bare ikke særligt interaktive.
Kan man forresten konverterer sitet til pdf og samtidig bevarer links?

Jeg ved ikke om pdf er det mest smarte til den slags. Men når jeg skal vise mine kunder designudkast, bruger jeg altid screenshots. Det er det letteste, og mest sikre. (: