Den første betaversion af Amazons Software Developer Kit (SDK) til Kindle er nu klar til download. Indtil videre er det såkaldte Kindle Developer Kit (KDK) kun tilgængelig i en begrænset betatest. Det indeholder API'er, værktøjer og dokumentation som kan bruges til at udvikle sine egne applikationer til Kindle. Pakken indeholder også en Kindle Simulator, hvor man kan emulere en Kindle under Windows, Linux og Mac OS. På denne side kan man melde sig på en venteliste for at komme med i testen af det Java-baserede KDK.
De første programmer til Kindle skulle være klar i løbet af året, både gratis og betalingspligtige. De bliver tilgængelige gennem en form for App Store kaldet Kindle Store.
Den enkelte udvikler kan selv vælge om programmerne skal være gratis eller sælges. Amazon beholder 30 procent af indtægterne fra softwaresalget til Kindle-brugerne, mens resten går til udvikleren. Der er også en abonnementsmodel, hvor brugeren betaler et fast beløb for softwaren hver måned.
Det er Amazon, der betaler for dataoverførslen til de mobile Kindle-enheder – ikke brugeren – og derfor er der en række begrænsninger på programmernes størrelse. Gratis software skal fylde mindre end 1 MB og overføre mindre end 100 KB/bruger om måneden, mens programmer der sælges maksimalt må fylde 100 MB. Hvis de er større end 10 MB bliver de ikke overført trådløst, men skal downloades fra Kindle Store til en computer og så overføres til Kindle over et USB kabel.
Amazon fortæller også, at man ikke vil acceptere VoIP-programmer (Ip-telefoni), reklamer, anstødeligt indhold eller indsamling af brugerdata uden samtykke.
Mindst to softwarefirmaer udvikler allerede til Kindle. Det er amerikanske Handmark og Electronic Arts, som allerede har indgået et samarbejde med Amazon. Handmark udvikler en Kindle-version af restaurantguiden Zagat, mens Electronic Arts vil udvikle spil til Kindle.