Pegning af domæne ned i undermapper

Jeg sidder og arbejder på et multibruger system og hver bruger kommer til at have deres egen mappe hvor deres bruger specifikke data ligger samt layout til frontend etc.

Jeg vil gerne høre hvorledes det er muligt at få et domæne til at pege ned i en mappe som ikke ligger i root af webserveren?
Hvorledes kan jeg få et domæne til at pege direkte ned i kunde1 mappen f.eks?

Root
    Includes(mappe)
        themeloader.php
        functions.php
        classes.php
        DBconnection.php
Kunder(mappe)
    Bruger 1(mappe)
    Bruger 2(mappe)
    Bruger 3(mappe)
        Index.php (Denne fil er index for hele sitet)
        config.php (indeholder DB info + andre system variable)
        Templates (mappe)
            Classic(mappe)
                frontpage.php
                menu.php
                footer.php
                header.php
            ExampleTheme(mappe)
                frontpge.php
                menu.php
                footer.php
                header.php