Metode referencer "blandet" ved opgradering fra .NET 3.5 til 4.5

Jeg har et .NET komponent til overførsel af FTP filer, i .NET 3.5 som virker ganske glimrende.

Jeg ønsker at opgradere komponenten til .NET 4.5, og gør dette via Visual Studio 2013.
Selve opgraderingen og kompileringen af komponenten giver ingen fejl.
Derimod er der problemer når det skal tages i brug.

Jeg har, fra brugen af en .NET 1.0 version af komponenten, et stykke kode der gør brug af komponenten.
Når jeg instalerer min nye .NET 4.5 version af komponenten, bliver alle referencerne "blandet", således at der hvor der før blev refereret til "port" i .NET komponenten, refereres der nu til "NoOfFolders". Begge dele findes i komponenten, men det er tydeligvis ikke det rigtige der henvises til.

Indtil videre er tanken at det må være i opgraderingen fra 3.5 til 4.5 at metoderne i komponentens ID'er bliver skiftet, eller noget lign., da komponenten bliver fundet og taget i brug, men det er de forkerte metoder der bliver refereret til.

Kan dette være en fejl i hvordan komponenten bliver opgraderet og kompileret? Eller er der andet jeg har overset?

Info:
Kompilering i VS2013:
Visual Studio Installer Projects 1.0.0.0 (Extension)
Komponenten er skrevet i c#

Koden i .NET komponenterne er stort set ens fra 3.5 til 4.5.
Den eneste ændring, er at de tildelte GUIDs på klasserne er ændret således at 4.5 verionens GUIDs er identiske til den gamle 1.0 version (For at muliggøre at der kan vælges mellem komponenterne udelukkende ved kun at have den man vil bruge (.NET 1.0 eller 4.5) installeret).
Det skal siges at der i opgraderingen fra 1.0 til 3.5 i sin tid blev ændret i kode, men det udelukkende var et skift fra Typecasting til brug af c# konverterings metoder (int -> String), og altså ikke noget jeg umiddelbart ville tro havde en betydning.