Problemer med fil rettigheder/versioner

Hejsa,
Jeg har en applikation der installerer en række filer i en speciel undermappe hos et andet program (det ligger i program files...).

Alt dette opfører sig som det skal - næsten. På windows 2008 ser det ud til at der sker en form for virtualisering af dilerne i program files, så selv om jeg smider nye filer ind i mappen, slår det ikke igennem. Det virker som om de er lokale for mig???

Jeg har nu lavet et manifest for at køre min applikation som  "run as administrator" hver gang den starter op. Dette løste kun delvist problemet,  da det program jeg installerer imod (smider noget i en undermappe, hvor programmet leder efter det), stadig ikke kan se det, da det kører som en win32 service (local system account)... Jeg er helt lost her, håber nogle kan hjælpe...