Word eller alternativ til Word?

Jeg er igang med at skrive speciale og den skal så printes ud, lidt mere professionelt end normalt. Det firma jeg sidder hos, har derfor krævet at jeg afleverer det der skal printes ud, i PDF-form.
For at få filer i pdf, har jeg derfor downloadet en extension til Word 2003, der hedder CIBPdf.

Problemet er at de to filer (.doc og .pdf) ikke ser ens ud, hvilket naturligvis har sine ulemper.
F.eks. viser pdf-filen min indholdsfortegnelse to gange. Når jeg tilføjer en indholdsfortegnelse til word-dokumentet så spørger den:

"Do you want to replace the selected table of contents?"

Når jeg svarer ja, sker der intet, når jeg svarer nej, får jeg en indholdsfortegnelse. Meget underligt.

Mine spørgsmål er derfor:

Når man vil lave en PDF-fil er der så et bedre alternativ end at lave dokumentet i word først og så konvertere til PDF?

Er der andre der har haft lignende problemer?