Hvorfor have en css-mappe, når man har style.css

Jeg kan ikke svare for de enkelte tema-udviklere, men det vil ofte være alt for uoverskueligt at have alt i én fil - hvis man arbejder med en komponent-baseret tilgang, fx BEM, så får man automatisk nedbrudt alle dele af siden i mindre komponenter, fx knapper, header, footer etc, og så gør én fil til hvert komponent livet meget lettere. Derudover arbejder mange ikke i ren css men i et dynamisk sprog som fx less eller sass og så kan man i endnu højere grad dele ting logisk op i fx farver, variabler og mixins.

... Men hvis man arbejder i LESS eller Sass er der endnu mindre grund til at have flere filer, da compileren lige så godt samtidig kan merge det til én fil.

I de fleste tilfælde bruger man kun flere CSS-filer, når man bruger genbrugte komponenter, uanset om det er ens egne eller downloadede libraries. Og det er simpelthen fordi, at hvis man putter dem i én fil bliver det langt sværere at opdatere en komponent.
Sig f.eks. du har Bootstrap og din egen CSS-fil, og der kommer en ny udgave af Bootstrap, du gerne vil bruge. Hvis de er i samme fil, skal du finde de dele der er Bootstrap, slette dem og erstatte dem med indholdet fra en nyere udgaves fil. I stedet for bare at overskrive filen med den nyere.

Hvis nogen har flere CSS-filer der udelukkende er deres eget kode og ikke genbrugelige komponenter, så er det sandsynligvis fordi de har meget CSS-kode og de forsøger at gøre det mere overskueligt for sig selv. Men det er meget sjældent set i min erfaring.

Hvis du bygger (større) temabaserede komponenter (fx menuer, karruseller, accordions...)  og sammensætter til et egentlige sites kan buildprocesserne for de enkelte komponenter sagtens outputte hvad der her ellers ligner irrelevant opdelte filer. En grund kan også være, at det gøres med henblik på lettere overblik ifm evt tilpasning for brugerne af temaerne. Endelig så er det bestemt ikke alle tema-byggere, der har fundet ud af brugen af patterns eller optimering.