Mærsk Data oplevede en lille fremgang i 2003 - et år, der var præget af omstrukturering i selskabet. Omsætningen steg med seks procent til 3,48 milliarder kroner i 2003 fra 3,27 milliarder kroner i 2002.
Nettoresultatet for 2003 blev et overskud 167,1 millioner kroner. Året før var resultatet 172,2 millioner kroner - altså en tilbagegang på 5,1 millioner. I 2002 indeholdt regnskabet dog særlige poster på 27,6 millioner kroner fra salg af aktier og aktiviteter. Korrigerer man resultatet for disse ekstraordinære poster i 2002, viser resultatet en stigning på 22,4 millioner kroner eller 12 procent.
Medarbejderstaben voksede med 10 procent i 2003 til i alt 2868 ansatte. Samtidig indførte selskabet en ny struktur, der betød en opdeling i seks afdelinger med ansvar for hver sin specifikke branche. Desuden har virksomheden i årets løb solgt visse aktiviteter fra, herunder pc hardware og software, hvilket ifølge regnskabet har påvirket omsætningen i Mærsk Data Gruppen negativt.
Væksten hos Mærsk Data har været mest markant på transport- og logistikområderne, og især hos Maersk Data USA og Maersk Data Asia har der været fremgang.