Windows - Overstyre en registry værdi for eet program?

Jeg har samme program installeret i to adskilte foldere, men de læser samme opsætningsværdi i registry. Kan man på nogen måde lave , så når program c:\program files\version1\app.exe spørger efter en bestemt værdi i registry, bliver der givet en anden værdi end der reelt står i registry?

Jeg har kikket lidt på Registry String Redirection og Virtual Registry, men kan ikke rigtig se, at det kan løse mit problem. :-(