webserver site og intranet

Jeg har en udfordring liggende, og er som følgende:

Har på vores netværk som er styret af en Windows 2000 server, forward lookup'et Ubuntu server som "Intranet" webserver.
Men min hovedpine er, om det er muligt at sætte Windows serveren op til at pege på en specifik mappe på Ubuntu'en til at hoste et "site", så den både kører som Intranet og site på samme tid.
Der er vel også noget sikkerhed som jeg skal tænke på!