Opbygge hjemmeside med filnavne

Hej
Jeg skriver fordi jeg gerne vil vide hvordan det er bedst at opbygge sin hjemmeside. Og her mener jeg helt grundlæggende med filnavne og includes osv, og hvad der er mest hensigtsmæssigt i forhold til søgemaskiner.

Er det bedst at have en index side, som vha. f.eks. php includer de andre sider, så ens link måske hedder "?side=kontakt"?

- Eller er det bedre at man linker til kontakt.php og så i kontakt.php så includer man de forskellige headers?

Eller måske en helt 3 måde. Hvad vil den mest effektive og korrekte måde være?