Jeg vil klart anbefale fat32 idet det kan du tilgå fra alle styresystemer fra Win98 og fremefter (inkl. diverse bootdisketter og Linux). Jeg ved at mange siger at NTFS kan også accesses fra en Boot-cd med linux, men medmindre nogen i denne tråd kan forklare mig en metode, der virker (og som ikke er afprøvet i denne tråd:
http://www.eksperten.dk/spm/584430) så vil jeg mene at det passer ikke i øjeblikket. Captive-NTFS (som bruges i Linux) virker ikke godt i øjeblikket!
Det er selvfølgelig rigtigt at der er nogle fordele ved NTFS i forhold til Fat32, men på en backup-HD mener jeg altså ikke de er særligt vigtige, idet det jo ikke er et drev, hvor der skal arbejdes intensivt på.