Xmedia Recode (
http://www.xmedia-recode.de/en/download.html) eller Handbrake (
http://handbrake.fr/rotation.php?file=HandBrake-1.0.3-x86_64-Win_GUI.exe) kan begge gøre det. I Xmedia hopper du bare hen på fanen Subtitles
Du kan dog også gøre det med MKVtoolnix:
https://www.youtube.com/watch?v=yaTVOJMWBfw#t=2m0s... Videoen er lidt gammel, så brugergrænsefladen har ændret sig lidt siden dengang.
Hvorfor vil du fastbrænde underteksterne? Skal det afspilles på noget meget gammelt udstyr, som ikke kan håndtere rigtige undertekster? Ellers er det den dårlig idé. Det vil i øvrigt også tvinge dig til at omkode videoen, da teksten i så fald jo skal brændes permanent ind i selve videostrømmen.