Du husker selvfølgelig at gemme/save ændringerne, efter du har roteret biledet, Ikke?
Bortset fra det, så har jeg selv et lignende problem. Jeg arbejder en hel del med billeder på min computer, herunder skannede negativer, og bruger fire forskellige programmer til det formål. Lige som dig har jeg ofte problemer med, at en rotation af et billede i et program ikke genkendes i et andet.
Jeg har endnu ikke efter mange års søgning fundet en løsning. Jeg kan give dig et par links om emnet, men jeg er bange for, der ikke er nogen universalløsning. Tilsyneladende gemmer diverse programmer ikke oplysningerne om venstre/højre/op/ned de samme steder.
I de fleste tilfælde gemmes oplysningerne om et billedes visningsretning i EXIF-oplysningerne, men jeg oplever ofte, at rotation af et billede i et af mine programmer ikke genkendes i et andet. Skannede billeder indeholder (så vidt jeg ved) ikke oplysninger udover størrelse, filtype og dato for skanning.
http://www.daveperrett.com/articles/2012/07/28/exif-orientation-handling-is-a-ghetto/http://keyj.emphy.de/exif-orientation-rant/