Separere 2 video streams i en AVI fil

Kort om hvad jeg ønsker at kunne lave:
Jeg har en avi fil der indeholder 2 video tracks og 1 audio track - jeg ønsker her at kunne separere disse for at bearbeje den enkelte frame i hver video stream, for til sidst at kombinere dem til en avi fil med kun 1 video- og 1 audio stream.

Jeg leder efter software til windows der kan gøre dette via commandline, så jeg kan køre det som et script fra min egen applikation (hvis ikke i én omgang så i flere).

Er der nogen der kan hjælpe mig med at finde et program der er i stand til dette?