Classpath til jar-filer og dirs inde i en jar.

Nu har jeg boevlet i flere timer med at faa lavet en ordenlig manifest fil til et jar-arkiv. Problemet er at projektet bestaar af flere undermapper med class filer, samt en jar fil. Jeg vil gerne have pakket alt dette ned i en samlet jar fil. Saa vidt jeg kan se saa virker
Class-Path:
taget i manifest filen kun til filer uden for jar filen. Hvordan faar jeg den til at bruger filer inde i jar filen ogsaa?