Professor ved Institut for Elektroniske Systemer, Aalborg Universitet, hvor han leder forskningsgruppen indenfor cybersikkerhed – og også står i spidsen for Danmarks eneste kandidatuddannelse i cybersikkerhed.

Udover at være forsker og underviser er Jens Myrup Pedersen også landstræner for det danske cyberlandshold.

Han står i spidsen for flere projekter indenfor talentudvikling og community-udvikling indenfor cybersikkerhed, der blandt andet omfatter Cyberskills og De Danske Cybermesterskaber, og har været en af hovedarkitekterne bag træningsplatformen Haaukins, der er udviklet af Aalborg Universitet i samarbejde med en lang række andre uddannelsesinstitutioner med støtte fra Industriens Fond.