Opret nyt projekt men til virtuel mappe i IIS

Hej alle.

Bare så I ved det så er jeg ret ny i ASP.NET. Jeg har dog lavet (hvad jeg selv synes) forholdsvis indviklede programmer, men jeg er nu støt på et oprettelse problem.

I oldschool ASP har vi en mappe struktur på vores servere svarende til dette:
code
  (alt vores kode)
Site1
  default.asp
  config.asp
Site2
  default.asp
  config.asp
..osv..

I IIS'en opretter vi så alle sites med "code" som en virtuel mappe. Det betyder at når vi skal opgradere kunder, skal vi bare overskrive "code" mappen, også er alle opdateret. Dejligt nemt :)
Hver config.asp fil indeholder info om DB forbindelser osv.

Men i .NET laver man jo ET projekt eller ET site med EN web.config fil. Og stier til filer/bileder osv. bliver også regnet ud fra denne.

Så mit spørgsmål er hvordan laver jeg et ASP.NET projekt/website, så jeg får denne struktur:
code
  (alt vores .NET kode)
Site1
  default.aspx
  web.config
Site2
  default.aspx
  web.config

Men samtidig kan udvikle/debugge rigtigt?

Vi har en udviklingsserver til det, så det skal ikke nødvendigvis køres lokalt.