Python, cgi og popen3

Jeg forsøger at fange output til stdout for et program kaldet quicktree fra et cgi script skrevet i python. Quicktree er følgende program http://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/quicktree/

Følgende virker fint når jeg kører det direkte med python:
import os
f = os.popen3("python -V", "r")
print f[2].readlines()
f = os.popen3("path/quicktree -h", "r")
print f[2].readlines()

Men hvis jeg kører det som cgi så virker kun python -V og ikke quicktree. Jeg får ikke nogen fejl, blot intet output.

Det skal siges at det er version 2.4.4 af python når jeg selv kalder og 2.2.3 som cgi scriptet kører.

Nogle bud på hvorfor der er en forskel?