Du kan evt. se på Umbraco som gør det du spørger om. Det er et open source ASP.NET CMS system.
http://umbraco.com/Du kan sagtens utrolig nemt rette i din MasterPage.
Hent markup koden fra din MasterPage og smid det ind i en TextBox control.
TextBox.Text = File.ReadAllText([PATH_TIL_DIN_MASTERPAGE_MARKUP_FIL_HER]);
Når skal gemme ændringerne skal du blot.
File.WriteAllText([PATH_TIL_DIN_MASTERPAGE_MARKUP_FIL_HER], TextBox.Text);
men altså, det er ikke særlig kønt og ikke ligefrem noget der anbefales:)
men hvis det er til dit eget brug så er det vel fint nok.
Det kan være du bliver så glad for Umbraco at du slet ikke behøver din egen løsning mere xD