Min server defaced.. hjælp til at rydde lidt op.

Ja, min webserver blev lige defaced af en hacker.. Jeg burde vel være lykkelig over at han ikke slettede det hele, men ved så igen endnu ikke hvor meget vedkommende har kunnet få adgang til.
Mit software har simpelthen ikke været nok opdateret..

Der skal så laves en fuld reinstallation, men jeg vil gerne lige have siderne lidt op at køre, så jeg kan hente alt hvad jeg skal bruge inden det blir smidt over på en ny server.

Serveren har kørt ISPconfig, proftpd, apache, og ellers LAMP.

Jeg har adgang til root (selvfølgelig med nyt pass, for en sikkerheds skyld), Mysql, ftp, SSH. Og har fået "refaced" de fleste sider så de er normale igen...

Det hackeren har gjort er at alle index.htm/index.php osv er omskrevet til et "hacker visitkort". Alle filer der hedder login.php er blevet slettet. Hvis jeg smider filen over som hedder login.php på en side, får jeg blot beskeden "500 error, cause an internal error". Så der er på en eller anden måde lavet så dette filnavn ikke kan køre..

Kan jeg uden problemer blot opdatere alle mine programmer (apache/ispconfig/proftpd) uden at bruger data vil gå tabt, vil i tro? Dette ville måske kunne få disse admin sider op at køre tror jeg..

Og nogen ide om at løse mit login.php problem, eller en ide om hvad det kunne skyldes..

Al hjælp vil være totalt værdsat..