struktur af program

1: En persistent connection er klart en mulighed til en lille applikation, men det kan være træls at skrive om hvis behovet bliver større. Du kommer til at skrive utroligt meget træls og triviel kode til at læse og skrive til databasen, så jeg vil anbefale dig at kigge på Hibernate frameworket, som kan lave al oversættelse fra objekter til databasetabeller for dig. Det vil reducere mængden af database kode rigtig meget og hjælpe dig til at undgå rigtig mange typer problemer. Hibernate håndterer også databaseforbindelsen lidt mere avanceret ved hjælp af en connection pool.
http://www.hibernate.org/

2: Nej, det er en grundlæggende forkert måde at strukturere et Java-program. Klasser er ikke noget man deler op i når filerne bliver for lange. Det skal inddeles således at hver klasser har en veldefineret lille del som den har ansvar for. Det bør være dit udgangspunkt for at strukturere. Én konkret ændring af dataene håndteres således af én konkret klasse, repræsentation af én konkret entitet i modellen klares af én konkret modelklasse osv. De 4 foreslåede dele vil være mere egnet til en overordnet inddeling af programmet i pakker. Derudover vil jeg foreslå dig også at have modellen som en eksplicit pakke i dit system, således at dine data er repræsenteret uafhængigt at alt det andet. Det vil også gøre det langt lettere for dig at lave databasedelen.
Prøv at se på en Model-View-Controller opbygning: http://en.wikipedia.org/wiki/Model-view-controller. Det er nogenlunde den struktur du selv beskriver...

Jeg vil ikke anbefale Hibernate, da jeg antager at du er ret ny på området. Hibernate er en stor mundfuld og du løber panden mod muren mange gange.
Du skal jo blot lave en lille applikation.

Så ta' det roligt, det ser fornuftigt ud. Alene at du gør dig tanker om design mm. er kanon!

okay, tak til begge. og point til schwarz84 for svar.