Jeg er ikke bekendt med en måde du kan få at vide hvilke klasser der findes i en given fil, men hvis du kan få fat på navnene (eks. ved at stille et krav om at det skal matche filnavnet på en bestemt måde) kan du godt bruge reflection:
http://dk2.php.net/manual/en/language.oop5.reflection.phpJeg vil dog foreslå en lidt anden struktur til at lave det, baseret på et Observer pattern:
Start med et fælles plugin-bibliotek hvor du inkluderer alle filer. Disse filer skal så - idet de inkluderes (include_once/require_once er nok gode at bruge her) - registrere sig så op mod en kendt klasse der holder styr på hvilke funktioner der skal kaldes hvornår, ved at holde styr på en række collections. På den måde er det også de enkelte plug-ins der angiver hvornår de er relevante at bruge.
I dit system placerer du så på en række strategisk udvalgte steder (alt afhængigt af hvor plugins må gøre noget - det kommer jo lidt an på dit system) kald til en metode der kalder alle de funktioner der har registreret sig selv i forbindelse med den pågældende "event".
Afhængigt af dit behov kan det måske være en god ide at bruge interfaces til at angive metodesignaturer til klasser der skal koble sig på et bestemt sted.