Problem med at få AJAX til at køre en PHP side.

Jeg har en PHP side som skal køres vha. et AJAX script som triggeres af en timer som kører hvert 3minut.

Jeg har testet timer funktionen med en alert. Det virker.
Jeg har testet AJAX trigger, med en kort insert i db. Det virker.
Jeg har testet mit store script manuelt, og det virker.

Mit problem er at når jeg sætter det store script ind i timer funktionen så kører det ikke.

Spørgsmålet er så, er der en øvre grænse for, hvor langt og tidskrævende et script må være for at køre igennem ajax? Og kan man tvinge AJAX til at håndtere det store script alligevel ?

Jeg kalder funktionen med.

XMLHttpRequestObject.open("GET", "xxxxxx.php", true);
XMLHttpRequestObject2.send(null)

Det script som virker:

<?php
include "inc_db.php";

$userid = 1;
$holdid = 1;
$chatText = "test";

$query = "INSERT INTO chat (holdid, brugerid, chattext, sendt) VALUES ($holdid, $userid, '$chatText',now())";
mysql_query($query);
?>

Det store script som skal køres virker hvis jeg manuelt indtaster URL og refresher vha. F5. Ingen fejlmeddelelser. Men når det køres vha. AJAX virker det ikke.
Scriptet er omkring 400 linier.