script timer ud ved udførsel af eksternt program

Sidder med et problem, som jeg ikke har kunne finde nogen holdbar løsning på...

Jeg skal udføre et eksternt program, og have kommando-linie outputtet tilbage i mit PHP script - det i sig selv er ikke noget problem.

Desværre timer scriptet ud, da den proces der skal udføres laver en meget lang operation, som tager længere end et minut.

Jeg har lavet nedenstående funktion, som jeg vil bruge til at eksekvere det eksterne program:

function run($cmd) {
    $buffer = array();
    $handle = popen($cmd, "r");
    while (!feof($handle)) {
        set_time_limit(10); // 10 minutters timeout
        $line = fgets($handle);
        if ($line !== FALSE) {
            $buffer[] = $line;
        }
        // skriv et punktum og flush:
        print ".";
        ob_flush();
        flush();
        sleep(1); // vent 1 sek.
    }
    pclose($handle);
    return $buffer;
}

Min idé med ovenstående var: bliv ved med at sætte en ny timeout, hvert sekund, indtil programmet er færdigt med at køre.

Desværre returnerer fgets() ikke før der er kommet en linie tekst fra programmet man er ved at udføre, så det duer ikke - mit script går i stå inde i loop'et og timer ud.

Tænkte, at jeg måske kunne bruge fstat() til at tjekke, om der er kommet nye data fra processen, inden jeg kalder fgets() - men fstat() på et handle fra en proces returnerer altid size=0, så denne funktion hjælper mig ikke.

Er der ingen måde, hvor man kan tjekke, om der er kommet nye data?