Genstart af en applikation uden at dræbe alt

Hej

Jeg sidder med et lille problem. Jeg har et serverprogram der er nødt til at genstarte engang imellem. Det skal genstartes på grund af der opstår en deadlock i Java3D og jeg har ingen anelse om hvorfor den kommer. Derfor har jeg valgt genstartsløsningen indtil jeg har fundet grunden til deadlocken.

Jeg forsøger at lave noget der kan lukke den applikation og genstarte serverprogrammet. Hvordan gør jeg det?

Jeg har forsøgt mig med at lave et main program der kører som en tråd og efter noget tid starter en ny server. Det er ikke så svært. Det svære består i at dræbe det gamle program.
Jeg kan ikke få "fat" i det gamle program fordi jeg har startet dens main. Og jeg kan ikke rigtigt køre System.exit for så dør hoved-main-programmet også. hvordan kommer jeg udover det problem for det er et ret stort problem nå jeg ikke selv gider sidde og genstarte serveren hvert kvarter/halve time manuelt...
Hjælp mig...